生物计算

分子优化是药物设计、材料科学和化学研究的核心环节,旨在通过计算或实验手段改进分子的物理化学性质(如活性、选择性、稳定性等)。

虚拟筛选是计算药物发现的核心技术,通过计算机模拟从大规模化合物库中快速筛选出潜在活性分子，大幅降低实验成本与时间。

分子动力学模拟是一种基于经典力学的计算模拟方法,用于研究分子体系的动态行为与热力学性质。通过求解牛顿运动方程，MD模拟能够揭示原子和分子在特定条件下的运动轨迹,广泛应用于药物设计、材料科学、生物大分子机制研究等领域。

自由能计算是计算化学和分子模拟中用于量化分子体系热力学性质的核心技术,尤其在药物设计、材料科学和生物分子机制研究中至关重要。

生物计算解决方案

对蛋白质6WLF进行三种小分子的分子对接

RCSB数据库获取晶体结构6WLF
UCSF Chimera进行电荷处理和结构优化
Qvina-2.1进行分子对接试验
选取最佳对接构象，使用pymol和maestro等工具进行分析

对一个农药化合物库(70万化合物)筛选对蛋白质ALA3高亲和力的化合物。

使用客户提供的ALA3蛋白结构文件，maestro等工具处理蛋白表面残基，Vina-GPU+LeDock+Gilde-SP软件联用进行批量筛选筛选出38个化合物。

对一个癌症免疫通路PD-L1蛋白二聚体(5N2F)进行动力学模拟，与小分子bms-200的相互作用机制

RCSB数据库获取晶体结构5N2F
Gaussian+multifwn计算bms-200分子的RESP电荷
Gromacs2023进行1微秒的模拟,进行RMSD,RMSF,残基作用矩阵,结合模式等分析